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壹、設立背景
近年來高科技產業大量進駐南台灣，民國86年台南科學園區籌備處正式成立，經濟部工業局在台南市安南區設置台南科技工業區發展半導體、通訊、光電新興工業以及路竹地區亦積極規劃成立智慧型工業區。以上這些科學園區或智慧型工業區內，在未來十年內來極需高科技人才。 然而，目前南部精密機械、光電及機電整合人才嚴重不足，而且更需要跨領域之專長，尤其系統整合之專長，故「系統工程研究所」的成立正因應此領域人才之短缺，並可配合國家經濟發展、產業技術提升之目標，進行南台灣區域性產業人才培訓、建教合作、技術研發與轉移、製程改善與產品開發等對外服務，以增加本所畢業生之競爭力，使之有回饋社會之能力。且為能使本所發展更能聚焦，將於九十八學年度起更名為「機電系統工程研究所」。
貳、教育目標
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結合各工程領域之學門科學，培育具備技術創新與新產品開發的系統工程人才。
配合區域產業之現況與需求，培育具備精密產業機械系統整合能力及解決問題的人才。
藉由整合性「光機電系統」之研究領域，培育具備工程系統整合實作能力的高級科技人才。
參、課程規劃
精心規劃傳統核心課程，包括光機電整合、精密機械、資訊工程、電子工程等四大領域，重視各課程之間的連貫性與理論實務的兼籌並顧，使具有完整連貫的系統整合專業學能。
本所教學目標重視整合性科技之知識與技能的學習，廣設多領域的選修學門，並鼓勵學生修習所內外有關電子、資訊、生物、控制等學科，培養其自我學習、獨立開創的能力，使能適應高度發展、劇烈變遷的科技社會，並培養學生具有新世紀工程特質 ，特質如下：
肆、師資陣容
本所現有專任教師有五位，四位教授、一位助理教授，兼任學術及業界師資數名。未來逐年延攬具系統工程整合能力、產業實務經驗豐富、教學熱誠與研究卓越之教師。
伍、特色與展望
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培育具有解決系統工程整合問題之高級人才。
積極推動國內外產官學研之學術交流與實務合作。
發展跨領域之新產品開發與創新技術之研究。
陸、學生出路
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可受雇於精密機械、機電整合、自動控制、光電等系統整合性之產業,擔任設計開發、製造、管制、檢驗等工作。
學生畢業後即可報考博士班或出國深造。
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